在使用 ImageJ 的过程中常常会遇到这样一个问题：怎样对图片进行标注？
常见的标注有：比例尺、Calibration Bar、基本框选（矩形、箭头、文字等）、时间戳等等
官网说明：
ImageJ 中图像标注的方式比较特殊，往往会出现标注图片后，用图片浏览器打开看不见标注，而在 ImageJ 中打开看得到标注的情况。
左图是在图片浏览器中打开，右图在ImageJ中打开
这是因为我们添加的标注还是Overlay的形式，而并没有“印” 或嵌入在图像上。
Overlay 形式的标注一般的图片浏览器是无法显示的，只能在 ImageJ 中显示。
之前关于比例尺添加的文章中，也提到了 Overlay 的用法：
这篇文章会讲清楚对图片以及3D Stack进行标注的原理和方法。
一、Overlay 解析
Overlay，即叠加，图像标注的本质是在原本的图像上，叠加上标注信息。
为什么 ImageJ 中的标注要以 Overlay 的形式存在？
图像标注可以分为破坏性和非破坏性的：
1、Pencil Tool、Paintbrush Tool 等往往是破坏性的，是覆盖而不是叠加，即会把原本图片的信息直接覆盖掉。这类标注是不可移除的！
破坏性的图像标注工具
当然，你可以通过 File -> Revert 来恢复图像。
2、Overlay 仅仅是叠加，图片原本的信息是可以得到保留的，属于非破坏性的（Non-destructive），这类标注是可移除的！
ImageJ标注的两种形式- ROI和Overlay
二、Overlay 的使用方法
Overlay 允许对图像的标注信息，进行灵活的操作（Image -> Overlay）：
官网说明：
常见功能：
1、Add Selection，将框选出的区域（Selection）变成 Overlay：
变成Overlay之后，Selection的节点会消失
2、隐藏 Overlay、将 Overlay 添加到 ROI Manager 当中：
将框选出的区域（Selection）变成 Overlay 后，是不能直接编辑的。
只有将 Overlay 添加到 ROI Manager 之后，才可以对 Overlay 进行各种操作。
3、Flatten，将 Overlay 覆盖（嵌入）到图片上：
Flatten后文字变得模糊
注意：Overlay 本质是矢量图，放大之后也清晰。但 Flatten 后，Overlay 会根据图像本身的分辨率而变得模糊。
且 Flatten 之后，图像标注不可消除！
三、图像标注参数设置
图像标注的参数包括：线条颜色、粗细；文字的字体、字号；箭头类型等等。
设置位置，在工具栏的各个工具处点击右键，或者 Edit -> Options
ImageJ支持的箭头类型
通过Color picker（或 Edit -> Options -> Colors）选择前景色和背景色，Color picker 也可以作为取色器：
四、Stack 标注
ImageJ 自带 Stack 时间戳的标注功能（Image -> Stack -> Label）:
可以调节标注的各种参数和形式，最常用的就是对延时摄影的图片进行时间标注：
添加时间戳后
如果要对 Stack 的一部分进行标注，则需要借助一个 Macro 来做。
例如对 MRI 的数据，在两个眼球出现的时候利用箭头标注：
打开
Annotation_to_overlayV1.4.ijm 文件：
点击 Run，运行 Macro：
目前支持 6 种类型的图像标注，这里选择 Arrow，点击 OK。
选择眼球刚出现的帧，画箭头，点击OK
再选择眼球刚消失的帧，点击 OK，即把开始帧和结束帧直接全部加上箭头，最后的效果如下：
END