张泽民老师无疑是生物信息学领域的巨佬,我也多次旁听过他的课,每一次都收获很多。
这篇泛癌T cell的Science文章我反复看了很多遍,建议关注免疫细胞的同学把这篇文章打印出来,反复的看看,肯定有很大的收多。
最主要的是张老师团队分享了非常全面的code ,这个我认为是学习生物信息数据分析的top1 ,无论你是做数据分析、数据可视化,还是统计分析,这套代码都写的非常清楚。其中还给分享了文中的数据,很方便咱们去学习,整整23G。
其中有一个我近期会用到的代码就是细胞比例统计OR值的计算,以及他的其他文章还会有Ro/e的计算,优势是可以避免取样造成的细胞比例偏差。建议大家与常规的比例统计方式都做一下,看看哪个更符合自己的课题设计 ,生信嘛都是试出来的。
本文的代码很全,但学习的难度还有的,可能要钻研一下。
Zheng L, Qin S, Si W, Wang A, Xing B, Gao R, Ren X, Wang L, Wu X, Zhang J, Wu N, Zhang N, Zheng H, Ouyang H, Chen K, Bu Z, Hu X, Ji J, Zhang Z. Pan-cancer single-cell landscape of tumor-infiltrating T cells. Science. 2021
后苔??回复之前贴子的岸号即可霍得之前的代码,今日关键词: 240513, 大家认真看清楚关键词啊,每天都有上百个人??错误,我实在没精力一个个回复了。
代码相关教程资源:
这篇Cell真是空间组学的优秀运用-代码分享
这篇Cell代码的详细程度令我惊叹-代码分享
学生信千万别拘泥于一个领域-生信代码分享 跟着nature学习如何巧妙利用公共数据-代码分享
换成自己的数据,闭眼运行就行-代码分享「利用好自己的病理数据,别再担心空转太贵了」
好用数据库系列: